Penyakit ikan Koi merupakan suatu kendala atau faktor resiko bagi para peternak ikan Koi yang menyebabkan kerugian ekonomis dan menurunnya produksi ikan Koi yang dipelihara. Untuk itu diperlukan suatu perangkat lunak untuk membantu para peternak ikan Koi dalam menangani penyakit pada ikan koi. Saat ini para peternak ikan koi masih berkendala dalam penanganan gejala penyakit yang dilakukan secara manual dengan bertanya jawab bersama pakar ikan. Untuk itu tujuan dari penelitian ini merancang aplikasi sistem pakar diagnosa penyakit pada ikan koi menggunakan metode backward chaining dalam menangani penyakit pada ikan koi. Metode yang dibangun untuk penelitian ini menggunakan beberapa tahapan penelitian dengan melakukan pengumpulan data, proses desain, proses pengkodean dan proses pengujian sistem, proses perancangan aplikasi menggunakan, Visual Studio 2010.net. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah suatu aplikasi sistem pakar diagnosa penyakit ikan koi dengan menggunakan metode backward chaining yang dapat menyelesaikan masalah yang dihadapi oleh para peternak ikan koi dan sekaligus membantu para pakar untuk memberikan hasil solusi yang lebih singkat dan tidak memakan waktu.