Ketika memasuki era Orde Baru, dunia kependidikan di Indonesia berkembang dalam sistem yang dualistik antara pendidikan umum (Nasional) di satu pihak dan pendidikan agama (Islam) di lain pihak, dengan posisi pendidikan umum jauh lebih dominan. Dualisme itu sendiri pada awalnya merupakan produk penjajahan Hindia Belanda, namun sampai pada batas tertentu ia juga merupakan refleksi dari pergumulan dua basis politik, antara Islam dengan Nasionalisme, yang sejak awal kemerdekaan tidak bisa dielakkan telah menjadi titik perbenturan yang cukup serius khususnya dalam penentuan dasar dan bentuk negara Indonesia. Meskipun dalam kenyataannya terjadi rekonsiliasi dalam formula negara yang berdasarkan Pancasila, tetapi implikasi dualisme ideologis itu terhadap dunia kependidikan tampaknya tidak bisa dihapuskan dalam masa yang pendek. Di samping karena masalahnya cenderung bersifat instrumental, juga karena secara realistik pendidikan Islam di Indonesia, baik dalam bentuk masjid, pesantren, maupun madrasah, memiliki akar sejarah yang sangat panjang di Indonesia jauh lebih panyang dari tradisi pendidikan sekolah atau universitas yang mendominasi pendidikan nasional sampai dewasa ini.