Mengkaji konflik batas wilayah pada era Otonomi Daerah yang mana pada kajian ini lebih mendalam akan mengkaji tentang konflik yang terjadi berkaitan dengan tapal batas, hal ini disebabkan oleh lahirnya undang-undang Otonomi daerah akhirnya menjadi persoalan mengenai tapal batas antar kabupaten dan juga antar provinsi yang ada diIndonesia.Kerja sama antar daerah perbatasan merupakan salah satu tema penting untuk memberikan solusi atas munculnya konflik-konflik sumber daya alam (SDA) dan konflik kewenangan lainya. Walaupun belum banyak ditemukan kajian-kajian  mengenai kerja sama antar daerah tersebut, akan tetapi perlu diciptakan pembagian kewenangan antar pusat- provinsi dan juga kabupten kota di Indonesia. Oleh karna itu nuansa penyeragaman kebijakan pusat terhadap heterogenitas daerah yang banyak menimbulkan konflik ti tingkat local. Masalah tersebut muncul karna adanya bebrapa kelemahan  dari undang-undang Otonomi daerah Nomor 22 ahun 1999 tentang pemerintahan daerh(yang undang-undang tersebut tidak berlaku lagi sejak diundangkannya undang-undang No. 32 tahun  2004). Konflik ini terjadi dikarenakan oleh beberapa hal diantaranya adalah lemahnya koordinasi dalam penyelenggaraan fungsi pemerintahan diantara tingkat pemerintahan baik pusat, Provinsi dan juga kabupaten/kota. Disisi lain juga disebabkan oleh pengelolaaan sumber daya alam, daerah merasa lebih berhak dn memiliki wewenang sendiri. Konflik bata wilayah ini bisa dielesaikan  apabila pemerintah local dan pusat berperan penting an tidak mengedepankan kepentingn elit politik.