Kajian ini bertujuan untuk mencermati dialog budaya pesantren yang dilakukan oleh Mishbah Musthofa (1916-1994) dalam menggali makna ayat-ayat Al-Qur’an seperti yang tercermin dalam tafsirnya al-Iklīl fī Maʻānī at-Tanzīl, khususnya dilihat dari aspek tradisi pesantren. Pendekatan yang digunakan adalah enkulturasi budaya, sebuah cara pandang yang menekankan adanya dialektika wahyu (Al-Qur’an) dan budaya lokal. Hasil penelitian menunjukkan adanya dua model respon dalam tafsirnya, yaitu pertama, mengadopsi dalam rangka melengkapi (adoptive-complement), ditunjukkan dengan sikap menerima tradisi yang berkembang di pesantren. Misalnya penggunaan aksara pegon, kitab kuning dan tradisi bermazhab. Kedua, mengadopsi dalam rangka merekonstruksi (adoptive-reconstructive), ditunjukkan melalui sikap kritisnya terhadap beberapa tradisi pesantren. Misalnya, kritik Misbah Musthofa terhadap tradisi penghormatan (ta’zim) santri kepada kiai, tradisi bertarekat, tradisi bermazhab, sikap menolak acara Musabaqah Tilawatil Qur’an, dan berdoa dengan pengeras suara. Kajian ini menegaskan adanya integrasi antara budaya pesantren dan tafsir dalam proses penafsiran Al-Qur’an.