Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan hasil belajar melalui Project Based Learning (PjBL) berorientasi eXe-Learning dan Direct Instruction berorientasi Macromedia Flash pada tingkat motivasi tinggi dan rendah pada materi laju reaksi di Universitas. Penelitian ini adalah penelitian quasi eksperimen kuantitatif dengan desain Pretest-Posttest Control Group Design. Populasi merupakan seluruh mahasiswa Prodi Pendidikan Kimia yang mengikuti perkuliahan mata kuliah Kimia Dasar, berjumlah sekitar 204. Teknik sampling menggunakan Purposive Sampling sehingga didapat sampel berjumlah 60 mahasiswa, yaitu 2 kelas yang masing-masing kelas berjumlah 30 mahasiswa. Instrumen dalam penelitian ini berupa tes soal objektif yang berjumlah 25 butir soal dan angket motivasi yang sudah valid dan reliebel.  Penelitian ini menggunakan Analis varian (ANAVA) dua Jalur dengan GLM Univariate pada data N-gain dengan bantuan SPSS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan peningkatan hasil belajar melalui model PjBL berorientasi eXe-Learning dan Direct Instruction berorientasi Macromedia Flash pada tingkat motivasi tinggi dan rendah. Pembelajaran di kelas eksperimen menggunakan model PjBL berorientasi eXe-Learning memperoleh hasil yang lebih baik dengan rata-rata N-gain  sebesar 0,73 sedangkan rata-rata N-gain kelas kontrol  sebesar 0,63 sehingga didapat model PjBL berorientasi eXe-Learning lebih efektif digunakan dalam pembelajaran Laju Reaksi.