Budaya madrasah memiliki perbedaan, karena budaya madrasah memiliki ciri-ciri khusus dibandingkan dengan sekolah yaitu dalam kepemimpinan berbasis nilai dan pengembangan mutu madrasah adalah konsep lembaga pendidikan yang berbasis agama Islam, keberadaannya muncul dikarenakan hasrat kuat masyarakat Islam untuk berperan serta dalam pendidikan dan motivasi keagamaan yang kuat dari para orang tua untuk meningkatkan pendidikan agama anak-anaknya dibandingkan dengan bersekolah di sekolah umum pada biasanya serta adanya anggapan di masyarakat bahwa menyekolahkan anak perempuannya di madrasah merasa lebih aman dengan kata lain madrasah dianggap sebagai benteng moral bagi siswa-siswinya. Begitu juga dengan mata pelajaran yang diperoleh oleh para siswa-siswinya tidak hanya mendapatkan pelajaran agama sebagai ciri khas dari madrasah tetapi juga mendapatkan mata pelajaran umum sebagaimana di sekolah umum biasanya. Budaya madrasah merupakan bagian dari penerapan manajemen pendidikan Islam, karena manajemen pendidikan Islam adalah suatu proses pemanfaatan sumber daya yang dimiliki (umat Islam, lembaga pendidikan atau lainnya), baik perangkat keras maupun lunak. Pemanfaatan tersebut dilakukan melalui kerja sama dengan orang lain secara efektif, efesien dan produktif untuk mencapai kebahagian dan kesejahteraan baik di dunia maupun di akhirat. Dalam tulisan ini disampaikan bagaimana budaya madrasah dalam penerapan manajemen pendidikan Islam.