Penelitian ini dilatarbelakangi masalah rendahnya nilai-nilai karakter yang ditunjukkan mahasiswa saat pembelajaran IPA. Selama ini pembelajaran IPA lebih menekankan pada aspek kognisi dan belum menggalakkan pentingnya penanaman nilai-nilai karakter di dalamnya pembelajaran. Perubahan paradigma mengajar dirasa perlu dilakukan dimana perlu penyelarasan antara penguasaan konsep maupun perbaikan karakter. Nilai karakter yang dikembangkan dalam pembelajaran IPA dapat dilandaskan dalam Al-Qur’an. Sebab pada dasarnya nilai karakter bersumber dari nilai-nilai agama. tujuan penelitian ini adalah mendeskripsikan perangkat pembelajaran, implementasi pembelajaran, keunggulan dan kelemahan sistem pembelajaran integrasi pendidikan karakter berbasis Al-Qur’an dalam pembelajaran IPA bagi mahasiswa PGSD STKIP-MB. Penelitian ini dilaksanakan di STKIP-MB, dengan subyek penelitian adalah  mahasiswa Prodi PGSD semester II Tahun Akademik 2019/2020. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif dengan menggunakan pendekatan kuantitatif. Hasil penelitian yang didapatkan kesesuaian RPS mencapai 91,07%. Artinya  telah menunjukkan adanya integrasi penanaman nilai-nilai karakter berbasis Al-Qur’an di dalam komponen-komponen penyusun RPS. Selain itu dari hasil analisis angket, persentase keberhasilan penanaman pendidkan karakter berbasis Al-Qur’an pada mahasiswa mencapai 82,35%. Artinya setelah adanya pembelajaran IPA melalui pengintegrasian pendidikan karakter berbasis Al-Qur’an berpengaruh positif terhadap perkembangan pribadi mahasiswa, dimana nilai-nilai karakter pada diri mahasiswa dapat terbangun dengan sangat baik.