Keberadaan logam tembaga (Cu) dalam badan perairan sangat berpengaruh terhadap kehidupan makhluk hidup, baik yang ada didalamnya maupun di lingkungan sekitarnya. Cu bersifat toksik bagi tumbuhan termasuk tumbuhan air seperti Eceng Gondok ( E. crassipes) . Pengaruh Cu terhadap tumbuhan dapat diamati dari organ tumbuhan yaitu akar. Akar merupakan bagian tumbuhan yang paling banyak menyerap logam karena tahap pertama dalam proses penyerapan unsur hara adalah melalui akar. Metode yang dilakukan dalam penelitian ini adalah dengan menumbuhkan tiga tanaman E. crassipes . dalam medium air dengan 4 konsentrasi, yaitu konsentrasi 0 ppm, 4 ppm, 8 ppm dan 12 ppm kemudian dibuat preparat permanen dengan metode parafin dan selanjutnya dilakukan pengamatan dengan mikroskop elektrik untuk memperoleh data banyaknya trakea akar E. crassipes . Data yang diperoleh pada penelitian ini dianalisis menggunakan analisis varian satu arah, kemudian dilanjutkan dengan uji Duncan untuk mengetahui letak perbedaannya. Dari hasil analisis menunjukkan bahwa pemberian Cu dengan berbagai konsentrasi yaitu 0 ppm, 4 ppm, 8 ppm, dan 12 ppm menyebabkan perbedaan jumlah trakea akar E. crassipes . secara nyata. Dimana semakin tinggi konsentrasi Cu maka jumlah trakea semakin sedikit. Pengaruh Cu terhadap trakea adalah pada proses pertumbuhan sel. Cu menghambat proses metabolisme sel dan dapat menurunkan pertumbuhan. Penurunan pertumbuhan ini terjadi karena logam Cu yang masuk ke dalam sel akan berikatan dengan enzim, sehingga fungsi enzim sebagai katalisator untuk reaksi-reaksi kimia di dalam sel akan mengalami gangguan.